In der Ära Maria Theresias und Josef II (1780-1790) waren entscheidende Veränderungen eingetreten. Die Steuerfreiheit des Adels wurde begrenzt und die Steuerleistungen der Bauern und Großgrundbesitzer durch ein Kataster festgelegt. Man richtete Kreisbehörden ein und gründete Volksschulen. Wurde in der Barockzeit auf dem Wiener Hof spanisch und italienisch gesprochen und meist französisch geschrieben, setzte sich nun das Deutsche durch, das auch in der Verwaltung zur Amtssprache wurde. 1781 hatte man die Leibeigenschaft aufgehoben und volle Gleichheit der Religionen und Konfessionen hergestellt. Die Tschechen grollten dem Kaiser wegen seines Zentralismus und weil man die Wenzelskrone nach Wien brachte. Anders die Sudetendeutschen. Sie waren begeisterte und treue Gefolgschaft Josef II. Das Schulwesen eröffnete vielen von ihnen die Tore in führende Stellungen.
Ferdinand Kindermann aus Nordböhmen, zunächst Pfarrer in Kaplitz, wurde 1790 Bischof von Leitmeritz. Seine Leistungen für das Schulwesen, der Priesterbildung und seine sozialen Anregungen brachten ihn 1774 zum Volksschul- (Oberaufseher) Landschul-Inspektor von Böhmen. Die Zahl der Volksschulen stieg in der Folge von 1315 auf 2085. In Prag wurde die erste Technische Hochschule gegründet.
Verheerend wirkte sich die große Kloster-Säkularisierung Josef II. aus. Mit der Aufhebung von rund 1300 Klöstern gingen zahlreiche kulturelle Werte verloren. Sein Bruder und Nachfolger Leopold musste nach Josephs Tod 1790 viele der Reformen zurücknehmen. Die österreichischen Niederlande fielen vom Reich ab, die Ungarn konnten jedoch beruhigt werden. Leopold II. starb 1792. Dessen Nachfolger Franz II. wurde 1804 als Franz I. der letzte römisch deutsche Kaiser.
Um die Jahrhundertwende gab es durch den Aufstieg Frankreichs (1804 Erhebung Napoleons zum Kaiser) und den Untergang des römisch deutschen Reiches 1806 gewaltige politische Veränderungen. Rings um Böhmen tobten gewaltige Kriege, die jedoch das Land selbst nur am Rande streiften. Bei der Dreikaiserschlacht (Franzosen, Österreich, Rußland) bei Austerlitz 1805 verlor Österreich im Frieden von Pressburg Venetien und Dalmatien an Italien, Tirol, Vorarlberg und Lindau an Bayern und dem Breisgau mit Konstanz an Baden und Württemberg.
Seit 1808 wurden Prag und die drei berühmten Bäder Karlsbad, Franzensbad und Marienbad Treffpunkt der großen Welt und des deutschen Geistesadels.
Der 1813 im russischen Winter fast vernichtete Napoleon konnte mit einem frischen Heer bei Großgöschen und Bautzen die Preußen und Russen schlagen. Metternich erreichte für Österreich gegen Napoleon einen Waffenstillstand. Österreichisches Dazwischentreten rettete die Provinz Schlesien für Preußen. Böhmen rüstete fieberhaft, die Friedensverhandlungen in Prag scheiterten und Österreich trat wieder in den Krieg ein. Unter dem Kommando des Fürsten Karl von Schwarzenberg drang die Hauptarmee der Verbündeten bis nach Dresden vor, erlitt durch Napoleon zunächst eine Niederlage, um wenige Tage danach bei Kulm und Nollendorf die französische Armee einzukreisen. In der Völkerschlacht vom 16. - 28. Oktober 1813 in der Leipziger Ebene wurde Napoleon besiegt und musste über den Rhein zurückweichen.
Dieses große weltgeschichtliche Drama hinterließ bei den Völkern des Landes Böhmen unvergessliche Eindrücke. Sowohl bei den Deutschen wie bei den Tschechen entwickelte sich das Nationalbewusstsein. Den Tschechen brachte das Werk Johann Gottfried Herders (1744-1803) Idee zur Philosophie der Geschichte der Menschheit erheblichen Auftrieb. Herder prognostizierte, dass die Slawen die Träger der Zukunft seien. Ihr friedlicher Taubencharakter habe sie ein Jahrtausend lang zu Opfern des germanischen Eroberungsdranges gemacht und sie hätten nun die Mission, die Welt zu verjüngen, die an der übersättigten Zivilisation der müden, alten Kulturvölker des Westens unterzugehen drohe. Die slawischen Erwecker glaubten nun die Rolle von Welterlösern übernehmen zu müssen. Die Philosophie der Slawophilen übernahmen zunächst die kleinen slawischen Völker, Tschechen, Slowaken, Kroaten, Serben und Slowenen. Später jedoch griff sie auch auf die Russen über. Der Panslawismus hat ihren Ursprung in dieser Botschaft.
Ein zwischen den nationalen Bestrebungen stehender böhmischer Führer, Kaspar Graf Sternberg, wollte auch dem tschechischen Volk zum Bewusstsein seiner geschichtlichen Leistungen, Kultur und Wert seiner Sprache verhelfen. Er war Mitbegründer des Vaterländischen Museums. Mit seinen Sammlungen, seiner Bibliothek und einer Zeitschrift wurde es Mittelpunkt der tschechischen Nationalbewegung. Mit Franz Palacky hatte das Museum einen überragenden Mann als Kusto. Sein Nachfolger, Wenzel Hanka, trug mit seinen Fälschungen, die Königinhofer und die Grünberger Handschriften und seinen sonstigen Tätigkeiten erheblich zur radikal-nationalen Verführung der Tschechen bei.
Im Gegensatz zu den Tschechen, die ein klares Ziel vor Augen hatten, waren die Sudetendeutschen immer noch der einheitlichen böhmischen Nation anhänglich, ja sie unterstützten zum Teil die hussitischen Tendenzen und tschechisch-nationalen Bestrebungen. Bernhard Bolzano (1781- 1848) war ein eifriger Verfechter der Philosophie Immanuel Kants. Neben Kant wirkte auch Johann Gottlieb Fichte auf die jüngere sudetendeutsche Generation ein.
In dieser geistigen Auseinandersetzung fand bereits eine Zweiteilung der Auffassungen statt. Leipzig war der Mittelpunkt vieler sudetendeutscher Studenten, die sich der deutschen Burschenschaft (1817 auf der Wartburg gegründet) anschlossen. Der in Leipzig erscheinende Grenzbote war für viel junge sudetendeutsche Schriftsteller Korrespondenzblatt. Die Slawen zog es zur gleichen Zeit nach Jena, wo sich Slawen, Kroaten und Serben trafen.
Adalbert Stifter, 1805 in Oberplan geboren, war dagegen ein unbedingter Parteigänger des übernationalen Staatsgedankens, ein entschiedener Gegner nationalistischer und demokratischer Leidenschaften, aber auch bei aller Frömmigkeit und konservativen Haltung freiheitlich im Sinne des Josephismus.