Nach der Machtergreifung Hitlers in Deutschland wurden Sudetendeutsche wegen Hoch- und Landesveräterischer Handlungen verfolgt. Ab dem 29. Mai 1933 verbot man den Empfang von Rundfunksendungen aus dem Deutschen Reich. Im November 1934 erstürmten tschechische Studenten die Prager Deutsche Universität und verlangten die Herausgabe der alten Universitätsinsignien. Es kam zu schweren Auseinandersetzungen mit deutschen Studenten. Das Unterrichtsministerium zwang den Rektor der Deutschen Karls-Universität die Insignien auszuliefern. Auch als Eduard Benesch am 19.12.1935 Staatspräsident wurde, blieb er gegenüber den sudetendeutschen Forderungen nach Autonomie unnachgiebig. Die offensive Nationalitätenpolitik Prags gegen die Sudetendeutschen gipfelte im Staatsverteidigungsgesetz vom 31. Mai 1936, das die bürgerlichen Grundrechte einschränkte. Willkürliche Verhaftungen ohne richterliche Kontrolle waren die Folge
Am 26. April 1936 richteten die sogenannten Jungaktivisten (Wenzel Jaksch von der Deutschen Sozialdemokratischen Arbeiterpartei, Hans Schütz von der Deutschen Christlich-Sozialen Volkspartei und Gustav Hacker vom Bund der Landwirte) einen beschwörenden Appell an Sudetendeutsche und Tschechen vor dem sich abzeichnenden Unheil. Doch auch diese Bemühungen waren erfolglos. Am 27. April 1937 brachte Henleins Sudetendeutsche Partei sechs Volksschulgesetzentwürfe ein, sie sollten die Gleichberechtigung jeder ethnischen Minderheit sichern. Diese wurden von den tschechischen Parteien wegen Verfassungswidrigkeit abgelehnt.
Noch im Mai 1936 betonte Henlein die Unabhängigkeit von der Führung der NSDAP und vom Deutschen Reich, indem er alle Mitglieder der Sudetendeutschen Partei ausschloss, die nationalsozialistischen Bestrebungen hätten bezichtigt werden können. Doch es bildete sich bereits nach den Mai - Wahlen 1935 eine Gruppe um Karl Hermann Frank, die den Anschluss an das Deutsche Reich anstrebte. Als jedoch bei einer Kundgebung der SdP am 17. Oktober 1937 in Teplitz-Schönau Karl-Hermann Frank von tschechischer Polizei geschlagen wurde, führte dies bei Henlein zu einem Wandel seiner politischen Einstellung. Er gab die Bereitschaft zur Verständigung mit den Tschechen auf und bekannte sich zu Hitlers Politik gegenüber Prag. Im gleichen Monat besuchte Henlein England und traf mit Churchill zusammen.
Am 28. März 1938, nach dem Anschluß Österreichs an das Deutsche Reich am 12. März, trafen sich Henlein und Frank bei Hitler. Hitlers Weisung, an Prag für die tschechische Seite unerfüllbare Forderungen zu stellen, gab Henlein in seinem Karlsbader Programm am 24. April 1938 bekannt. Er forderte: volle Gleichberechtigung der deutschen Volksgruppe, Anerkennung des sudetendeutschen Siedlungsgebietes, sudetendeutsche Selbstverwaltung, Wiedergutmachung des Schadens, der den Sudetendeutschen seit 1918 durch das Unrecht entstandenen war, Freiheit des Bekenntnisses zum deutschen Volkstum und zur deutschen Weltanschauung. Die Prager Regierung lehnte das Programm ab. Im März 1938 traten die Christlich-Sozialen und der Bund der Landwirte aus der Koalitionsregierung aus, stellten ihre Tätigkeiten ein und empfahlen ihren Mitgliedern, sich der SdP anzuschließen. Am 20. Mai 1938 erhielt die SdP bei den Gemeinderatswahlen 92,6% der deutschen Stimmen.
Erst jetzt erkannten die Westmächte die kritische Lage in der CSR. England riet der tschechischen Regierung, die Forderungen Henleins ernst zu nehmen und sandte Ende Juli 1938 Lord Runciman als Vermittler und Beobachter. In kurzer Zeit gewann diese Delegation ein umfassendes Bild von der tatsächlichen Lage der Sudetendeutschen. Auf Druck Runcimans billigte Benesch am 5. September 1938 den deutsch besiedelten Gauen endlich die territoriale Autonomie zu sowie nationale Proportionalität und Gleichstellung der Sprachen. Diese seit 20 Jahren erstrebten Zugeständnisse kamen jedoch zu spät.
Als am 12. September 1938 Hitler auf dem Reichsparteitag in Nürnberg ankündigte, dass er eine weitere Unterdrückung der Sudetendeutschen nicht dulden werde und das Selbstbestimmungsrecht für sie forderte, kam es in zahlreichen Städten Böhmens zu Freudenkundgebungen und Zwischenfällen. Daraufhin wurde in 13 sudetendeutschen Bezirken das Standrecht verhängt. Die Führer der SdP brachen die Verhandlungen mit Prag ab und kündigten das Autonomie-Programm. Am 15. September 1938 forderten sie Wir wollen heim ins Reich. Am 16. September 1938 verbot Prag die SdP, setzte die Verfassungsbestimmungen über die Freiheit der Person, des Hauses, die Versammlungs- und Vereinsfreiheit sowie das Briefgeheimnis außer Kraft. Henlein und seine engsten Mitarbeiter entkamen durch den Übertritt nach Deutschland der Verhaftung.
Im Abschlussbericht des Lord Runciman vom 11. September 1938 bezeichnete dieser die Politik der Tschechen seit 1919 als taktlos, verständnislos, unduldsam und diskriminierend und empfahl die Abtretung der sudetendeutschen Gebiete an das Deutsche Reich. Daraufhin flog der britische Premierminister Lord Neville Chamberlain am 15. September 1938 zu Hitler nach Berchtesgaden. Hitler forderte die Abtrennung der Sudetengebiete. Chamberlain sah die Gefahr eines Krieges und drängte zusammen mit dem französischen Außenminister Daladier in Noten vom 19. September 1938 nachdrücklich Prag zur Abtretung aller Gebiete mit mehr als 50% deutscher Bevölkerung. Am 20. September 1938 lehnte Prag die Forderungen ab und am 21.September 1938 erklärten die Abgesandten Englands und Frankreichs, dass im Falle einer Ablehnung die CSR allein die Schuld für einen Krieg trage, die Sowjetunion ließ Zurückhaltung erkennen.
In seiner totalen Isolierung gab nun Benesch in einer Note an England und Frankreich am 21. September 1938 die Zustimmung zur Abtrennung der Sudetengebiete an das Deutsche Reich. Chamberlain besuchte am 23. September 1938 Hitler in Bad Godesberg und brachte ein Memorandum mit, das den Einmarsch der deutschen Wehrmacht ins Sudetenland am 1. Oktober 1938 ultimativ ankündigte. Prag lehnte dieses ab und antwortete mit der Generalmobilmachung am 26. September 1938. Am 27. September 1938 befahl Hitler die Mobilisierung der Westdivisionen. Einen Tag zuvor griff er in seiner Sportpalastrede Benesch scharf an und versicherte Wenn dieses Problem gelöst ist, gibt es für Deutschland in Europa kein territoriales Problem mehr. Und ich habe Herrn Chamberlain versichert, dass [...] ich dann am tschechischen Staat nicht mehr interessiert bin. Und das wird garantiert! Wir wollen keine Tschechen!.
Am 27. September 1938 beschlagnahmten die Tschechen in den Sudetengebieten alle Rundfunkempfänger. 20.000 Sudetendeutsche wurden als Geiseln festgenommen, 200 Brücken zerstört, Tunnels gesprengt und Eisenbahnstrecken unbefahrbar gemacht. Frankreich stellte sich, von England unterstützt, für den Kriegsfall auf die Seite der CSR. Am 28. September 1938 bat Roosevelt Mussolini bei Hitler eine Konferenz zur Schlichtung anzuregen. England gab die Mobilmachung seiner Flotte bekannt.
Ohne die Sudetendeutschen, die Tschechen warteten im Vorraum, traten am 29. September 1938 Chamberlain, Daladier, Mussolini und Hitler in München zusammen. Zur Verhandlung standen die Modalitäten der Abtretung der Sudetengebiete, die zuvor von der britischen und französischen Regierungen beschlossen worden waren. Noch vor Mitternacht wurde das Kommuniqué ausgegeben. Am 1. Oktober 1938 sollte die Übergabe der Sudetengebiete mit mehr als 50% Deutschen begonnen werden und am 10. Oktober 1938 abgeschlossen sein. Der gesamte Grenzverlauf wurde von einem international zusammengesetzten Ausschuss am 21. November 1938 festgelegt. Am 30. September 1938 nahm die tschechische Regierung die Forderung an. Benesch trat wenige Tage später zurück. Das Staatsgebiet der CSR wurde mit dem Beschluss um 27.000 qkm kleiner. Während bei den Sudetendeutschen Freude über die Befreiung von der Fremdherrschaft herrschte, erzeugte dies bei den Tschechen Wut und Hass gegen die Deutschen innerhalb und außerhalb des Landes.